Der Michael Werner Kunsthandel wurde im Sommer des Jahres 2008 von Michael Werner und Rolf Unkel gegründet. Der traditionsreiche Standort der Galerie Werner in der Kölner Gertrudenstraße wird auch weiterhin für den Geschäfts- und Ausstellungsbetrieb des Kunsthandels genutzt.
Seit der Gründung des Michael Werner Kunsthandels in Köln wurden wichtige Einzelausstellung der Werke von Sigmar Polke, Georg Baselitz, Per Kirkeby, Ernst Ludwig Kirchner, Markus Lüpertz, A.R. Penck und Wilhelm Lehmbruck ausgerichtet. Im Jahr 2011 wurde eine enge Kooperation mit der Ernst Wilhelm Nay Stiftung geschlossen. 2012 begann mit einer Einzelausstellung die Zusammenarbeit mit dem amerikanischen Künstler Jeff Cowen.
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