Markgraf Albrecht der Bär (1100-1170) schenkte die Festung Werben nach einer Pilgerfahrt ins Heilige Land dem in Jerusalem ansässigen Johanniterorden. Sie war die erste Johanniter-Komturei nördlich der Alpen. Werben erhielt 1225 Stadtrecht, wurde Mitte des 13. Jahrhunderts Reichsstadt und gehörte ab 1358 zur Hanse. Der Johanniterorden wurde 1810 aufgelöst und der heute 900 Einwohner zählende Ort erlebte seinen langsamen Niedergang.

1160 baute der Orden eine erste Kirche in den fruchtbaren Niederungen der altmärkischen Wische. Den Bau der mächtigen St. Johanniskirche allerdings machte erst der rege Ablasshandel des 15. Jahrhunderts möglich. In zwei Bauabschnitten zwischen 1414 und 1466 entstand eine prächtige spätgotische Hallenbasilika. Die mittelalterlichen Glasmalereien stammen zum Teil noch aus dem Vorgängerbau, ebenso wurde der mächtige querrechteckige Westturm vom romanischen Ursprungsbau übernommen und erhöht.

Der dreischiffige Backsteinbau erhielt eine reiche Ausstattung. Der geschnitzte Hauptaltar aus der Zeit des "Weichen Stils" gilt als eines der Schlüsselwerke der märkischen Skulptur und Malerei. Neben der Messingtaufe des Hamburger Glockengießers Hermen Bonstede sowie der Sandsteinkanzel des Magdeburger Bildhauers Michael Spieß und zahlreichen weiteren bedeutenden Ausstattungsstücken ist die Barock-Orgel von Joachim Wagner von 1747 auf der gleichzeitig erbauten Empore besonders erwähnenswert.

Die Instandsetzung des Kirchenschiffdachs begann bereits im vorvergangenen Jahr. Da die Gemeinde mit dem Erhalt des gewaltigen Kirchenbaus und dessen reicher Ausstattung überfordert ist, gehört die Johanniskirche seit 1997 zu den über 570 Projekten, die die private DSD dank Spenden, Erträgen von Treuhandstiftungen und Mittel der GlücksSpirale, der Rentenlotterie von Lotto, allein in Sachsen-Anhalt fördern konnte.