Die Dorfkirche in Lübsee wurde zwischen 1236 und 1263 im Stil der Romanik mit frühgotischen Elementen aus Backstein auf granitenen Grundmauern errichtet. Die gotischen oben spitz zulaufenden Fenster wurden in späterer Zeit ergänzt. Die Kirche besteht aus einem rechteckigen Schiff und einem gewölbten Chorraum in der für die Gegend Westmecklenburgs in dieser Zeit typischen Form des quadratischen Kastenchors mit drei Fenstern. Auffällige Gestaltungselemente der Romanik sind die Rundbogenfriese am Giebel des Chors. Das der Höhe nach vom Chor abgesetzte einschiffige Langhaus ist innen flach gedeckt und besteht im westlichen Teil aus Feldsteinen, im östlichen aus Backsteinen. Der neugotische Westturm des Kirchenschiffes aus dem Jahr 1729, der 1901 erneuert wurde, trägt einen achtseitigen Spitzturm und ist mit Schindeln eingedeckt.

Ein Teil der Außenbemalung, die eine Besonderheit darstellt, ist am nordwestlichen Teil des Hauptschiffes erhalten: die rote Quaderung auf weißem Grund. Im Inneren lassen sich vier Malschichten an Wand- und Gewölbemalerei nachweisen, von denen jeweils umfangreiche Reste freigelegt worden sind. Die architektonische Gliederung des Gewölbes und die Evangelistensymbole im Chor stammen aus dem ausgehenden 13. Jahrhundert. Aus der Mitte des 14. Jahrhunderts finden sich ornamentale Lebensbäume im Gewölbe und szenische Malereien an den Wänden: Kain und Abel, Sankt Martin von Tours, die Verkündigung, Christus vor Pilatus, die Kreuzigung. Um 1500 entstand die großformatige Darstellung einer Deesis, und um 1600 erhielt das Langschiff eine Vorhang-Malerei sowie ein Bild des Jüngsten Gerichts. Die Gewölbe wurden mit Vierpass-Fliesen geschmückt.

Die Ausstattung der Kirche wurde im Zuge einer durchgreifenden neugotischen Renovierung der Kirche 1874 verändert. Der einfache, geschnitzte gotische Flügelaltar kam in die Mittelaltersammlung des Staatlichen Museums Schwerin. Die Kirche erhielt einen neugotischen Altaraufsatz und 1888 im Bereich des Triumphbogens die zwölf Apostelbilder. Die Chorwände wurden mit den Bildern der vier Evangelisten versehen. Die Südseite des Chors hatte schon vorher Glasfenster mit den Aposteln Petrus und Paulus erhalten.