An der Stelle mehrerer Vorgängerkirchen wurde die neue Johanneskirche zwischen 1895 und 1897 nach Plänen der Architekten Grisebach und Dinklage errichtet. Der steinsichtige Saalbau erhebt sich über einem kreuzförmigen Grundriss und schließt mit einem innen um zwei Stufen erhöhten mehreckigen Chor im Osten und einem westlichen Treppenturm auf quadratischem Grundriss ab. Zwei Anbauten fügte man zwischen Chor und Querhausarmen ein. An der Südseite des Turms, dessen Dach mit einem Schweifhaubenansatz beginnt und in einem Spitzhelm ausläuft, schließt sich ein halbrunder Treppenturm an. Hohe Rundbogenfenster gliedern den Bau und den mehrfach durch Horizontalgesimse gegliederten Turm.

Die stuckierte Gewölbedecke als Rabitzkonstruktion mit Kreuzrippen auf Konsolen prägt den Innenraum der Kirche. Die den Westen dominierende Empore ist wie die im Osten stehende Kanzel aus Werkstein gegossen und mit Stuck dekoriert.

Die konstruktiven Schäden am Kirchenbau sind Folge der Bauvernachlässigung zu DDR-Zeiten. Undichte Dächer ließen Nässe in die Dachkonstruktion eindringen, die in die am Schiffdach abgehängte als Gewölbe ausgeführte Drahtputzdecke floss. Risse, Deckenausbrüche und Abplatzungen waren die Folge. Herabfallende Deckenteile führten schließlich dazu, dass man die Kirche baupolizeilich sperrte. Nach der Sanierung des Daches und der Gewölbedecken folgt nun sukzessive die Restaurierung des Innenraums.

Viele sich ähnelnde neogotische Kirchen wurden Ende des 19. Jahrhunderts errichtet, unter ihnen besticht die St. Johanneskirche in Bretleben durch ein besonders markantes Äußeres und eine pfiffige Konstruktion im Inneren.

Die St. Johanneskirche ist eines von 430 Denkmalen, die die private Denkmalstiftung dank Spenden und Mittel der GlücksSpirale, der Rentenlotterie von Lotto, allein in Thüringen fördern konnte.