Das Rupertinum, im Zentrum der Altstadt wurde bereits 1350 erwähnt. Unter Erzbischof Paris Lodron diente das Palais "Collegium Rupertinum" als Ausbildungsort für Priesterzöglinge. 1633 wurde der Bau im klaren frühbarocken Stil fertig gestellt. Das Haus an prominenter Stelle zwischen Franziskanerkirche und Kollegienkirche diente der Erzdiözese jahrhundertelang als Priesterseminar.

Bis ins Jahr 1974 wurde das Rupertinum als SchülerInnen- und StudentInnenheim geführt. 1983 wurde das Rupertinum als Salzburger Museum für moderne Kunst und Graphische Sammlung der Öffentlichkeit übergeben.

Die Räumlichkeiten des Rupertinum wurden im Laufe der Jahre, insbesondere aber 1999, den internationalen Standards entsprechend adaptiert und ermöglichen hauptsächlich im Hinblick auf Grafiken und Fotoarbeiten hervorragende Bedingungen. Ein für den Typus des Salzburger Altstadthauses charakteristischer Innenhof erschließt das Gebäude vom Max-Reinhardt-Platz her.