Der großartige auch internationale Erfolg der 27. Europaratsausstellung „Otto der Große, Magdeburg und Europa“ im Jahr 2001 bestätigte das Konzept, das auch in den nächsten Jahren ein mit Höhepunkten angereichertes Ausstellungsprogramm bereithält. Zwei der herausragenden Vorhaben waren die Stadtgeschichtsausstellung zum Jubiläum „Magdeburg 1200 - Mittelalterliche Metropole, Preußische Festung, Landeshauptstadt" (2005) und „Heiliges Römisches Reich Deutscher Nation 962-1806 - Von Otto dem Großen bis zum Ausgang des Mittelalters“ (2006), ein gemeinsames Projekt mit dem Deutschen Historischen Museum Berlin.
In jüngster Zeit präsentierte das Museum mit den Ausstellungen "Spektakel der Macht. Rituale im alten Europa" (2008), eine Kooperation mit der Wilhelms-Universität Münster, und "Aufbruch in die Gotik" zum 800-jährigen Domjubiläum (2009) sowie mit dem Abschluss der Ottonentrilogie "Kaiser Otto und das Römische Reich" (2012) drei weitere sehr erfolgreiche Projekte.