Es präsentiert auf zwei Stockwerken wechselnde Einzel- und Gruppenausstellungen sowie Werke aus der eigenen Sammlung. Das international renommierte Museum versteht sich als dynamischer Ort für das zeitgenössische Kunstschaffen, dazu trägt auch das umfangreiche Vermittlungs- und Rahmenprogramm bei.
Für seine Ausstellungen setzt das Museum auf grosse Produktionen in enger Zusammenarbeit mit den Künstlern. Der Begriff der Gegenwartskunst wird dabei als eine dynamische zeitliche Bestimmung verstanden, der ein permanentes Ausloten zwischen Vorwärts- und Zurückschauen eigen ist. Zugleich impliziert der Begriff die Einbettung in einen gesellschaftlichen Kontext und Teilhabe an einem Prozess des Austauschs und der Produktion von Kunst. Die Ausstellungen im Migros Museum für Gegenwartskunst formulieren Kunstgeschichte als einen beweglichen Prozess, der offen ist für Überprüfungen, Korrekturen und Variationen.
Die Einbindung der Sammlung in ein lebendiges Umfeld, das die zeitgenössische Kunstproduktion berührt, fördert und sich an ein aufgeschlossenes Publikum richtet, ist ein weiteres Anliegen des Museums.