Die Eröffnungsausstellung verbindet die Einweihung des Neubaus, in dem die zeitgenössische Kunst ihren Platz findet, mit der Präsentation des umgestalteten theaterseitigen Altbauflügels: auch hier ist zukünftig Kunst der Moderne zu sehen. Eine gläserne Brücke verbindet den Neubau mit dem 1882 eröffneten Altbau also sowohl architektonisch als auch inhaltlich. Das spektakulärste Werk in der Eröffnungsausstellung wird die von Günther Uecker eigens für Schwerin angefertigte Serie neuer Wustrower Tücher sein, die im Obergeschoss des Neubaus gezeigt wird. Der 1930 in Mecklenburg geborene Uecker nimmt hier Bezug auf seine Erlebnisse in den Kriegs- und Nachkriegsjahren auf Wustrow: Sowjetische Soldaten zwangen ihn, Leichen vom Untergang der Cap Arkona, die an den Wustrower Strand gespült wurden, zu verscharren. Es waren ca. 4600 Häftlinge aus dem KZ Neuengamme und 500 Soldaten an Bord.

Seit 2010 suchte Uecker die Halbinsel immer wieder auf, um an den Stellen, an denen er 1945 die Leichen verscharrt hatte, Tücher auf den Sand zu legen und großformatige und extrem farbige Bilder zu schaffen. Im Untergeschoss des Neubaus werden Beispiele aus der vielfältigen Sammlung Neue Medien des Staatlichen Museums gezeigt, die bislang aus Platzgründen nie präsentiert werden konnten, darunter Installationen, Videos und Objekte von u.a. Ulrike Rosenbach, Aernout Mik und Jörg Herold. Herolds großformatige, mit Wasser gefüllte Skulptur Mahnmal für einen Matrosen erinnert an die in den letzten Tagen des Zweiten Weltkriegs versenkten Flüchtlingsschiffe und greift damit ein den Wustrower Tüchern vergleichbares Thema auf. Beispielhaft genannt sei außerdem die Installation Uto-Pia von Gediminas & Nomeda Urbonas (Litauen), die den gesellschaftlichen Wandel auf einem Archipel in der Ostsee nach dem Wegfall des Eisernen Vorhangs thematisiert – und somit, wenn auch indirekt, das Thema Krieg.

Im ehemaligen Wechselausstellungsbereich im Altbau sind mit dem Fadenstuhl, dem Elektrischen Garten, dem Twine Object oder der Materialcollage wichtige Werke Günther Ueckers aus der Schweriner Sammlung zu sehen.

Die Schweriner Sammlung des „enfant terrible“ Marcel Duchamp gibt Aufschluss über die enorme Bedeutung, die Duchamp für folgende Künstlergenerationen hatte und noch immer hat. An einzelnen Werken der Schweriner Sammlung sowie der Fluxus-Kollektion der Familie Kelter wird dieser Bezug konkret nachvollziehbar. Erwähnt seien zudem Werke von Lovis Corinth, Lyonel Feininger, Nam June Paik, Bernhard Heisig und Sigmar Polke, die ab 1. Juli 2016 zu sehen werden.

Der Neubau der ARGE Scheidt Kasprusch Becker Architekten BDA passt sich in den Innenhof des Museums ein. Planung und Durchführung oblagen dem Betrieb für Bau und Liegenschaften Mecklenburg-Vorpommern.